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Size and Concentration of Cell-Free DNA Measured Directly from Blood Plasma, without Prior DNA Extraction

ABSTRACT:

Cell-free DNA in human blood plasma (cfDNA) is now widely used and studied as a biomarker for several physiological and pathological situations. In addition to genetic and epigenetic alterations that provide information about the presence and the nature of non-constitutive DNA in the body, cfDNA concentration and size distribution may potentially be independent biomarkers suitable for monitoring at-risk patients and therapy efficacy. Here, we describe a simple, in-line, method, which measures cfDNA concentration and size distribution from only a few microliters of plasma without the need to extract and/or concentrate the DNA prior to the analysis. This method is based on a dual hydrodynamic and electrokinetic actuation, adapted for samples containing salts and proteins such as biological fluids. The method provides analytical performances equivalent to those obtained after purification and concentration of cfDNA, with a precision of ∼1% for size features and of 10−20% for the concentrations of the different size fractions. We show that concentration and size distribution of cfDNA analyzed from plasma can differentiate advanced lung cancer patients from healthy controls. This simple and cost-effective method should facilitate further investigations into the potential clinical usefulness of cfDNA size profiling.

https://doi.org/10.1021/acs.analchem.3c00998

August 18, 2023 News

OFFRE D’EMPLOI : Ingénieur Informatique Embarquée à Toulouse H/F

Nature du poste : CDI temps plein, à pourvoir dès que possible

Lieu : Labège-Enova, près de Toulouse (31)

En collaboration avec un laboratoire de recherche, ADELIS a mis au point une technologie innovante d’analyse de l’ADN qui aboutit aujourd’hui au développement de nouveaux produits pour la biologie et la santé, dans lequel s’inscrit le poste. Vous travaillerez de façon polyvalente dans un environnement riche et motivant, au sein d’une équipe multidisciplinaire à taille humaine.

Missions

Votre mission principale sera de développer, améliorer, et maintenir les firmware des instruments développés et fabriqués par notre entreprise. A court terme, l’effort portera essentiellement sur le nouvel analyseur d’ADN actuellement en cours de développement.

Vous serez rattaché au responsable du service Instrumentation d’Adelis. Après 1 ou 2 ans dans l’entreprise, nous attendons que vous soyez le référent technique firmware d’Adelis.

Après le lancement commercial de l’instrument, votre mission pourra être complétée avec une autre activité, d’ordre scientifique (traitement du signal, analyse de données biologiques) ou d’ordre instrumental (logiciel de pilotage des instruments, développement de fonctions instrumentales), selon vos intérêts et compétences.

Le cas échéant, une formation sera mise en place pour acquérir les compétences nécessaires.

Vous rejoindrez une équipe multidisciplinaire d’une douzaine de collaborateurs. Nous proposons un management participatif et bienveillant afin de développer des relations à long terme entre manager et managés.

Profil

Votre parcours vous a doté de compétences opérationnelles en logiciel embarqué incluant de la programmation multitâche, avec un sens pratique pour repérer et définir les fonctionnalités d’un automate de laboratoire.

Créatif, vous avez un esprit d’initiative, vous êtes rigoureux et aimez travailler en équipe pluridisciplinaire avec des ingénieurs, des chimistes et des biologistes pour la mise au point de produits scientifiques de qualité. Vous n’hésitez pas à demander ou à donner de l’aide à vos collègues pour le bien des projets.

Aujourd’hui, Adelis utilise surtout le langage C dans les microcontrôleurs avec des communications TCP ou RS232.

Anglais technique / Débutant accepté / Télétravail ponctuel possible

Salaire : brut annuel 36-40 k€ selon expérience

Contact : fginot@adelis-tech.com

 

July 25, 2023 News

Communiqué de presse (TTT) :

Essor de la technologie d’analyse génétique µLAS (Biabooster), utilisée dans le cadre d’une étude clinique dirigée par les Hôpitaux Universitaires de Marseille

 

Les Hôpitaux de Marseille mènent une étude clinique visant à prédire précocement la réponse aux immunothérapies chez les patients atteints de différents types de cancer. La technologie µLAS est une méthode simple et rapide pour évaluer en temps réel les variations de concentration et de taille des ADN libres circulants plasmatiques (cfDNA).

 

De l’invention à l’innovation technologique

Issues du laboratoire de recherche LAAS (CNRS) et d’un accompagnement par la Société d’Accélération de Transfert Technologique Toulouse Tech Transfer, la technologie a été développée en collaboration avec la société Adelis et protégée par un dépôt de brevet sur la séparation d’ADN. Son principe technologique a par la suite été étoffé par un portefeuille de brevets portant sur la concentration et la purification d’ADN. Sa sensibilité inédite permet de caractériser directement le cfDNA, sans aucun conditionnement du plasma sanguin des patients. En 2022, plus de 1200 échantillons de patients ont été traités avec µLAS.

Un intérêt manifeste pour le domaine de l’oncologie

Entièrement automatisée, cette technique requiert seulement 100µL de plasma (au lieu de 4ml habituellement avec une méthode « classique »), ce qui permet au plasma restant d’être en quantité suffisamment disponible pour des analyses moléculaires (PCR, séquençage).

Une technologie éprouvée introduite dans l’étude clinique SChISM par le Pr Sébastien Salas et Frédéric Fina, respectivement investigateur principal et co-investigateur de l’étude.

Le suivi de la réponse tumorale aux immunothérapies a été réalisé pour cinq pathologies tumorales métastatiques : mélanome, cancer du rein, cancer de la vessie, cancer ORL et cancer du poumon.

Les premières inclusions de patients ont démarré en avril 2021 avec un suivi réalisé sur 2 ans pour se terminer en mars 2023. A ce jour, 250 patients sont inclus dans l’étude et plus de 1200 analyses ont été réalisées avec le Biabooster.

Les partenaires de l’étude sont l’APHM, Adelis et ID-Solutions (2 sociétés sœurs).

 

A Propos d’Adelis : créé en 2014 Adelis est une société d’instrumentation analytique qui fabrique et commercialise une large gamme de détecteurs à fluorescence induite par LED et laser pour les Electrophorèses capillaires et les HPLC.

A propos d’ID-Solutions : spécialiste de l’extraction de l’ADN la société développe des outils pour la recherche et le développement du diagnostic en Oncologie sur l’ADN circulant à partir de biopsies liquides et l’ADN tumoral à partir de biopsies solides.

A propos de Toulouse Tech Transfer : TTT est l’opérateur local de la valorisation et du transfert de technologies de la recherche publique vers les entreprises. Elle assure la conduite de projets de maturation en investissant sur les résultats les plus prometteurs de la recherche publique afin de commercialiser les innovations auprès des entreprises.

June 15, 2023 News

Characterization of plasma cell-free DNA integrity using BIABooster system

[…] Recently, using a novel technology (BIABooster system) based on electro-hydrodynamic actuation, we also suggested the pertinence of total ccfDNA quantification and size profiling for several cancers including melanoma, CRC, non-small cell lung cancer (NSCLC) and prostate cancer […].

READ the original research article: Characterization of Plasma Cell-Free DNA Integrity Using Droplet-Based Digital PCR: Toward the Development of Circulating Tumor DNA-Dedicated Assays.

Front. Oncol., 06 May 2021 | https://doi.org/10.3389/fonc.2021.639675

June 9, 2021 News

ADELIS parmi les PME françaises lauréates du “Challenge international COVID-19”

Communiqué de presse de bpifrance, 23 septembre 2020

Challenge international COVID-19 : 8 startups et PME françaises innovantes lauréates de l’appel à projets EUREKA

Paris, le 23 septembre 2020 – A la suite d’un appel à projets ouvert du 15 avril au 15 mai 2020, via le réseau intergouvernemental EUREKA, 8 startups innovantes françaises sont lauréates du « Challenge international Covid-19 ». Financé par le Canada, l’Espagne, le Danemark, l’Autriche, la Turquie, les Pays-Bas et la France, ce programme vise à accompagner et soutenir les partenariats technologiques internationaux dont les projets de R&D proposent des solutions de pointe rapidement déployables face aux défis liés au Covid-19. 
 
Le Challenge international Covid-19 est un dispositif créé à l’initiative du Conseil National de Recherches Canada (CNRC), visant à soutenir et financer des partenariats technologiques entre entreprises innovantes de différents pays qui souhaitent adapter ou développer une solution pouvant limiter ou réduire l’impact de la crise du coronavirus. Les organismes finançant l’innovation au sein de sept pays[1], dont Bpifrance pour la France, se sont mobilisés pour trouver des synergies et accélérer les projets dans le cadre de ce programme, qui met en exergue les bénéfices d’une collaboration internationale dans l’innovation.
 
L’appel à projets, ouvert en plein cœur de la pandémie, a reçu plus de 60 candidatures à l’échelle globale, dont 12 impliquant des entreprises françaises. Après instruction par les différentes agences d’innovation à l’origine de ce challenge, 8 startups et PME françaises ont été déclarées lauréates et seront ainsi accompagnées et financées pour mener à bien leurs projets collaboratifs internationaux.
Les entreprises françaises et leurs partenaires étrangers ont été sélectionnés suivant des critères évaluant la pertinence et la viabilité de leur projet, mais également leur capacité à développer rapidement leurs solutions : en effet, le dispositif ciblait des projets d’une durée de développement de 3 à 12 mois maximum, avec un lancement sur le marché au bout de 6 mois à l’issue du développement produit.
 
Les lauréats français répondent à trois problématiques actuelles et concrètes :

  • Développer des équipements médicaux spécifiques pour soigner les malades du Covid-19 et réduire la saturation des services de santé ;
  • Faciliter le diagnostic et le développement de vaccins viraux afin de proposer une solution de longue durée face à la crise sanitaire ;

Sécuriser les espaces de travail et garantir la relance économique avec des dispositifs qui assurent à la fois le maintien de la production des entreprises et la distanciation sociale nécessaire au sein des sites industriels et des bureaux. 

Bpifrance : https://presse.bpifrance.fr/challenge-international-covid-19-8-startups-et-pme-francaises-innovantes-laureates-de-lappel-a-projets-eureka/

September 25, 2020 News