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Characterization of plasma cell-free DNA integrity using BIABooster system

[…] Recently, using a novel technology (BIABooster system) based on electro-hydrodynamic actuation, we also suggested the pertinence of total ccfDNA quantification and size profiling for several cancers including melanoma, CRC, non-small cell lung cancer (NSCLC) and prostate cancer […].

READ the original research article: Characterization of Plasma Cell-Free DNA Integrity Using Droplet-Based Digital PCR: Toward the Development of Circulating Tumor DNA-Dedicated Assays.

Front. Oncol., 06 May 2021 | https://doi.org/10.3389/fonc.2021.639675

June 9, 2021 News

ADELIS parmi les PME françaises lauréates du “Challenge international COVID-19”

Communiqué de presse de bpifrance, 23 septembre 2020

Challenge international COVID-19 : 8 startups et PME françaises innovantes lauréates de l’appel à projets EUREKA

Paris, le 23 septembre 2020 – A la suite d’un appel à projets ouvert du 15 avril au 15 mai 2020, via le réseau intergouvernemental EUREKA, 8 startups innovantes françaises sont lauréates du « Challenge international Covid-19 ». Financé par le Canada, l’Espagne, le Danemark, l’Autriche, la Turquie, les Pays-Bas et la France, ce programme vise à accompagner et soutenir les partenariats technologiques internationaux dont les projets de R&D proposent des solutions de pointe rapidement déployables face aux défis liés au Covid-19. 
 
Le Challenge international Covid-19 est un dispositif créé à l’initiative du Conseil National de Recherches Canada (CNRC), visant à soutenir et financer des partenariats technologiques entre entreprises innovantes de différents pays qui souhaitent adapter ou développer une solution pouvant limiter ou réduire l’impact de la crise du coronavirus. Les organismes finançant l’innovation au sein de sept pays[1], dont Bpifrance pour la France, se sont mobilisés pour trouver des synergies et accélérer les projets dans le cadre de ce programme, qui met en exergue les bénéfices d’une collaboration internationale dans l’innovation.
 
L’appel à projets, ouvert en plein cœur de la pandémie, a reçu plus de 60 candidatures à l’échelle globale, dont 12 impliquant des entreprises françaises. Après instruction par les différentes agences d’innovation à l’origine de ce challenge, 8 startups et PME françaises ont été déclarées lauréates et seront ainsi accompagnées et financées pour mener à bien leurs projets collaboratifs internationaux.
Les entreprises françaises et leurs partenaires étrangers ont été sélectionnés suivant des critères évaluant la pertinence et la viabilité de leur projet, mais également leur capacité à développer rapidement leurs solutions : en effet, le dispositif ciblait des projets d’une durée de développement de 3 à 12 mois maximum, avec un lancement sur le marché au bout de 6 mois à l’issue du développement produit.
 
Les lauréats français répondent à trois problématiques actuelles et concrètes :

  • Développer des équipements médicaux spécifiques pour soigner les malades du Covid-19 et réduire la saturation des services de santé ;
  • Faciliter le diagnostic et le développement de vaccins viraux afin de proposer une solution de longue durée face à la crise sanitaire ;

Sécuriser les espaces de travail et garantir la relance économique avec des dispositifs qui assurent à la fois le maintien de la production des entreprises et la distanciation sociale nécessaire au sein des sites industriels et des bureaux. 

Bpifrance : https://presse.bpifrance.fr/challenge-international-covid-19-8-startups-et-pme-francaises-innovantes-laureates-de-lappel-a-projets-eureka/

September 25, 2020 News

µLAS: Sizing of expanded trinucleotide repeats with femtomolar sensitivity in less than 5 minutes

new article published in nature scientific reports :

Abstract :

We present µLAS, a lab-on-chip system that concentrates, separates, and detects DNA fragments in a single module. µLAS speeds up DNA size analysis in minutes using femtomolar amounts of amplified DNA. Here we tested the relevance of µLAS for sizing expanded trinucleotide repeats, which cachareleuse over 20 different neurological and neuromuscular disorders. Because the length of trinucleotide repeats correlates with the severity of the diseases, it is crucial to be able to size repeat tract length accurately and efficiently. Expanded trinucleotide repeats are however genetically unstable and difficult to amplify. Thus, the amount of amplified material to work with is often limited, making its analysis labor-intensive. We report the detection of heterogeneous allele lengths in 8 samples from myotonic dystrophy type 1 and Huntington disease patients with up to 750 CAG/CTG repeats in five minutes or less. The high sensitivity of the method allowed us to minimize the number of amplification cycles and thus reduce amplification artefacts without compromising the detection of the expanded allele. These results suggest that µLAS can speed up routine molecular biology applications of repetitive sequences and may improve the molecular diagnostic of expanded repeat disorders.

January 29, 2019 News

Communiqué de Presse du CNRS

BIABOOSTER : un dispositif plus sensible pour caractériser l’ADN en circulation dans le sang

Développée et brevetée1 en 2012 et 2014 au Laboratoire d’analyse et d’architecture des systèmes (LAAS-CNRS) et mise en œuvre industriellement par Picometrics-Technologies, la technologie du BIAbooster permet de caractériser l’ADN avec une précision et une sensibilité inédites. Appliquée à l’analyse de l’ADN résiduel circulant dans le sang, elle a permis d’identifier des signatures prometteuses pour le suivi de patients atteints de cancer. Ces signatures, présentées dans le numéro du 20 mars 2018 d’Analytical Chemistry, pourraient être confirmées par une étude de plus grande ampleur menée par des équipes de l’Université Paris Descartes, de l’Inserm, de l’AP-HM et de l’AP-HP (Hôpital européen Georges-Pompidou).

Dans le corps humain, la mort occasionnelle de cellules se traduit par la dégradation et le relargage de leur ADN, qui circule alors dans le sang, avant d’être éliminé. Des études antérieures ont montré que les patients atteints de cancer présentaient des taux élevés de fragments d’ADN en circulation dans le sang. Cependant, des facteurs comme une alimentation riche ou un effort physique peuvent également être responsables de ce taux élevé de fragments d’ADN. L’analyse sensible et rapide permise par le dispositif BIABooster des molécules d’ADN ouvre de nouvelles voies pour mieux caractériser la composition de cette fraction résiduelle dans le sang et ainsi préciser son origine.

Afin d’analyser l’ADN, le dispositif BiaBooster opère en deux étapes de concentration et de séparation réalisées en ligne2. D’abord, l’ADN est concentré via un système de capillaires formé de la jonction d’un petit capillaire et d’un autre de plus grande section. Les chercheurs font couler une solution contenant de l’ADN dans le grand capillaire et utilisent un champ électrique de faible amplitude pour ralentir la migration. Le changement de vitesse d’écoulement et de champ électrique au niveau de la constriction permet d’arrêter l’ADN et de le concentrer comme une « galette ». Cette galette est ensuite libérée par la baisse progressive du champ électrique, ce qui permet également d’effectuer l’opération de séparation en fonction de la taille des fragments.

Depuis 2016, les chercheurs ont exploité le BIABooster et arrêté un protocole présenté dans Analytical Chemistry. En une vingtaine de minutes, l’outil permet la détection d’ADN jusqu’à une concentration de 10 fg/µl3. Il permet de déterminer la concentration et la taille d’un échantillon avec, respectivement, des précisions de 20 % et 3 %. Il s’est révélé particulièrement adapté pour dresser le profil de l’ADN en circulation dans le sang pour des volontaires sains ou des patients atteints de cancer, à la fois en terme de concentration et de profil de taille.

Au-delà de la prouesse technique, les chercheurs ont décidé d’utiliser ce dispositif pour analyser une centaine d’échantillons cliniques de patients atteints de cancer provenant de l‘hôpital européen Georges-Pompidou AP-HP et des hôpitaux de l’AP-HM.  Leurs premiers résultats confirment que la présence d’ADN de faible poids moléculaire en quantité importante pourrait constituer une information clinique pertinente pour le suivi des patients. Ils devront être confirmés par une étude de plus grande ampleur menée par des équipes de l’Université Paris Descartes, l’Inserm, l’AP-HM et l’AP-HP (Hôpital européen Georges-Pompidou).

 

http://www2.cnrs.fr/presse/communique/5509.htm

March 27, 2018 News